Începând cu 1989, procesul de restructurare şi de transformare din societatea moldovenească devenise inevitabil. Sistemul electoral din Republica Moldova începe să cunoască reforme de profunzime, menirea cărora era de a pune bazele statului de drept.

Drept urmare, prin hotărîrea Sovietului Suprem al RSS Moldoveneşti nr. 3625-XI din 24 noiembrie 1989, a fost creată Comisia Electorală Centrală pentru alegerea deputaţilor poporului. Comisia era formată din 21 de membri, cu un mandat de 5 ani, numiţi la propunerea sovietelor raionale şi orăşeneşti de deputaţi ai poporului, precum şi a organelor republicane ale organizaţiilor obşteşti. Preşedintele acestei comisii a fost ales Vladimir Chictenco, care a activat în perioada 1989 –1993.

Comisia Electorală Centrală, creată pentru alegerile anticipate din 1994, avea în componenţa sa 7 judecători ai Judecătoriei Supreme şi 17 reprezentanţi ai partidelor, organizaţiilor social-politice şi blocurilor electorale participante în alegeri.Preşedinte al Comisiei a devenit Nicolae Timofti, fiind ales, prin vot secret, din rîndul judecătorilor desemnaţi, iar conform normelor stabilite atunci, în termen de 3 zile de la constituire, CEC îşi alegea dintre membrii săi vicepreşedintele şi secretarul.

Pentru organizarea şi desfăşurarea alegerilor din 16 aprilie 1995 a fost constituită o Comisie Electorală Centrală, compusă din 7 judecători ai Judecătoriei Supreme şi 4 reprezentanţi ai Procuraturii Republicii Moldova. Preşedinte al Comisiei a fost ales Vasile Pascari, desemnat de Judecătoria Supremă.

Prin Hotărîrea Parlamentului nr. 924-XII din 12 iulie 1996, a fost confirmată o nouă componenţă nominală a Comisiei Electorale Centrale, preşedinte al căreia a fost ales Petru Railean, desemnat de Plenul Curţii Supreme de Justiţie.

Atribuţiile Comisiei Electorale Centrale expirau odată cu depunerea jurămîntului de către candidatul ales în funcţia de Preşedinte al Republicii Moldova. În caz de necesitate, termenul atribuţiilor Comisiei Electorale Centrale putea fi prelungit prin hotărîre a Parlamentului. Conform articolului 9 al legii sus-numite, Comisia Electorală Centrală se constituia de către Parlament cel tîrziu cu 90 de zile înainte de ziua alegerilor în următoarea componenţă: 3 judecători ai Curţii Supreme de Justiţie; 3 procurori ai Procuraturii Generale; 3 reprezentanţi ai Consiliului Superior al Magistraturii; cîte un reprezentant cu drept de vot consultativ din partea fiecărui candidat, înregistrat la funcţia de Preşedinte al Republicii Moldova. Comisia Electorală Centrală era asistată de un aparat, al cărui personal numeric se confirma de Guvern.

Codul electoral, adoptat la 21 noiembrie 1997, a reunit toate actele legislative referitoare la alegerile prezidenţiale, parlamentare şi locale, fiind unificate procedurile electorale. În baza Codului electoral, a fost înfiinţată Comisia Electorală Centrală ca organ de stat cu statut permanent, pentru organizarea şi desfăşurarea alegerilor. Instituirea Comisiei a fost dictată de necesitatea unei structuri competente şi specializate în domeniul alegerilor.

Din momentul adoptării, Codul Electoral a suportat mai multe modificări în scopul racordării acestuia la normele internaţionale din domeniul electoral, precum şi perfecţionării procedurilor electorale.

Activitatea permanentă a CEC a permis creşterea calităţii şi eficienţei de gestionare a procesului electoral. Comisia este constituită din 9 membri cu drept de vot deliberativ, mandatul ei fiind iniţial, în prima versiune a codului, de 6 ani, ulterior durata acestuia a fost redusă pînă la 5 ani (Legea nr. 176/2005).

Componenţa nominală a CEC permanente a fost confirmată prin hotărîrea Parlamentului nr. 1405 din 16 decembrie 1997. Imediat după aceasta, noua componenţă a elaborat Regulamentul CEC, în baza căruia îşi desfăşoară activitatea, precum şi alte regulamente, instrucţiuni, modele de documente electorale în vederea bunei organizări şi desfăşurări a alegerilor. Primul preşedinte al Comisiei a fost Dumitru Nidelcu, care a ocupat această funcţie timp de 6 ani.

După ce mandatul de 6 ani al primei Comisii permanente a expirat, prin hotărârea nr. 516 din 18 decembrie 2003, Parlamentul a confirmat o nouă componenţă nominală a Comisiei Electorale Centrale. Tot prin aceeaşi hotărâre, în calitate de preşedinte a fost confirmat Eugeniu Clim, desemnat de Preşedintele Republicii Moldova. Ulterior, în legătură cu demisia acestuia, hotărârea a fost modificată, ca preşedinte fiind confirmat Petru Railean, la fel, desemnat de Preşedintele Republicii Moldova.

Mandatul respectivei Comisii a încetat odată cu adoptarea Hotărîrii Parlamentului nr. 290-XVI din 11 noiembrie 2005 prin care a fost confirmată o altă componenţă, stabilindu-se o nouă modalitate de desemnare a membrilor. Prin hotărîrea nr.290/2005, Comisia Electorală Centrală a fost constituită după o formulă nouă, numărînd tot 9 membri cu drept de vot deliberativ, dar un membru era desemnat de către Preşedintele Republicii Moldova, un membru – de către Guvern şi 7 membri – de către Parlament, inclusiv 5 de către partidele de opoziţie, proporţional numărului de mandate deţinute de acestea. Membrii convocaţi în prima şedinţă l-au ales ca preşedinte pe Eugeniu Ştirbu, desemnat de Parlament. Comisia respectivă a activat fără modificarea componenţei pe durata întregului mandat de 5 ani.

Prin Legea nr. 119 din 18 iunie 2010 pentru modificarea şi completarea Codului electoral nr. 1381-XIII din 21 noiembrie 1997, din nou a fost stabilită o altă procedură de constituire a Comisiei Electorale Centrale. Astfel, în prezent, Comisia Electorală Centrală este constituită la fel din 9 membri, însă un membru este desemnat de către Preşedintele Republicii Moldova, iar ceilalţi 8 membri – de către Parlament, cu respectarea reprezentării proporţionale a majorităţii şi a opoziţiei.

Componenţa nominală a Comisiei se confirmă prin hotărîre a Parlamentului, cu votul majorităţii deputaţilor aleşi. Preşedintele, vicepreşedintele şi secretarul Comisiei Electorale Centrale sînt aleşi din rîndul membrilor Comisiei Electorale Centrale cu majoritatea de voturi din numărul total al membrilor acesteia. Şedinţa de alegere a conducerii CEC s-a desfăşurat la 15 februarie 2011.

Preşedinte al Comisiei a fost ales Iurie Ciocan, vicepreşedinte – Ştefan Urîtu şi secretar – Andrei Volentir.